วัดพระพุทธบาทยโสธร มีความเป็นมายาวนาน เป็นต้นธารแห่งดวงแก้วอันประเสริฐของพระพุทธศาสนา ที่ยังความผาสุกมาสู่พุทธศาสนิกชนตลอดมา ยุคแรก เกิดขึ้นหลังจากพระพุทธศาสนาล่วงแล้ว 2378 ปี โดยพระมหาอุตตมะปัญญา ได้อัญเชิญรอยพระพุทธบาท และสร้างพระพุทธรูปปางนาคปรก เป็นพระประธาน ประดิษฐานประกาศพระพุทธศาสนา อันปรากฏข้อความที่บันทึกเป็นประวัติศาสตร์ในศิลาจารึก สันนิษฐานว่าน่าจะเป็นวัดที่มีความเจริญรุ่งเรื่องตามควร ภายหลับพระมหาอุตตมะปัญญาและสัทธิวิหาริกที่รับภาระสืบต่อสิ้นไป ไม่มีพระภิกษุพำนักปฏิบัติสมณะธรรมจำพรรษาและทำนุบำรุงต่อเนื่องเป็นเวลายามนาน ซึ่งไม่ปรากฎบันทึกเหตุการณ์ใด ๆ แม้กาลต่อมาชุมชนที่อยู่ใกล้ที่สุดคือชาวบ้านหนองยาง และชุมชนใกล้เคียงที่มีศรัทธา ได้มาสักการบูชาพุทธเจดีย์ถือเป็นสิ่งศักดิ์สิทธิ์ และจัดกิจกรรมสรงน้ำพระพุทธนาคปรกและรอยพระพุทธบาทในเทศกาลสงกรานต์ จนเป็นที่นิยมจัดงานสือต่อกันมา จึงได้มีการรักษาบ้าง ครั้นโรงเรือนที่สร้างขึ้นป้องกันแดดฝนชำรุด จึงได้มีการปรับปรุงซ่อมแซมอีก 3 ครั้ง ยุคปัจจุบัน ได้ฟื้นฟูสร้างเป็นวัดโดยการนำของท่านเจ้าคุณพระราชมุนีผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดปทุมวนารามราชวรวิหาร กรุงเทพมหานคร เมื่อ พ.ศ.2516 เพื่อที่จะดำรงรักษาปูชนียวัตถุหรือโบราณวัตถุอันทรงคุณค่าเป็นมรดกสืบไป